方毅到院主持工作
    1月10日下午，国务院领导接见中国科学院负责人王屏、刘华清，宣布党中央的决定：任命方毅为中国科学院党的核心小组第一副组长、副院长。1月25日到2月16日，方毅主持召开了院党的核心小组扩大会议。会议决定：(1)夺回被四人帮帮派骨干篡夺的领导权；(2)各所要对为数不多的参与阴谋活动的一批骨干展开工作，争取他们尽快转变立场，深入揭发和交代问题；(3)加强专案审查工作，专案工作要与群众性的揭发、批判和斗争相结合。随后，全院展开了深入揭批四人帮及其在科学院帮派骨干的斗争，为科学院的思想整顿和组织整顿打下了良好的基础。9月24日，中共中央通知，将党的核心小组改为中共中国科学院党组，郭沫若为党组书记，方毅为第一副书记，李昌、胡克实、武衡为副书记，钱三强等10人为党组成员。1978年3月7日，经中央批准，全国人大常委会任命方毅、李昌、周培源、童第周、胡克实、严济慈、华罗庚、钱三强为中国科学院副院长。1978年6月，中央批准任命郁文为秘书长。郭沫若院长于1978年6月逝世，1979年7月1日，全国人大常委会任命方毅为中国科学院院长。
　　方毅(1916-1997)，福建厦门人。1930年加入中国共产主义青年团，1931年转为中国共产党党员，在闽南地区从事党的地下革命工作和武装斗争。1934年到上海接受任务时被捕，在狱中努力学习理论和文化知识，1937年被营救出狱。后在湖北、安徽等地领导抗日活动。解放战争期间，主要从事华东地区财政经济工作。1949年至1952年，任福建省政府副主席。1952年，任上海市副市长，主管财政经济和综合计划等工作。1953年任财政部副部长。1954年至1961年被派往越南，帮助越南恢复战争创伤，发展经济。1961年任国家计委副主任兼对外经济联络总局。1970年6月至1977年1月，任对外经济联络部部长、党组书记。
　　邓小平与方毅、李昌谈整顿科技工作
　　5月12日，即将复出的邓小平在他的西山住所，约见科学院党的核心小组副组长方毅和李昌，谈科技和教育的整顿问题。谈话要点有：(1)实现现代化，关键是科学技术要上去，为此，要尊重知识，尊重人才；(2)聂荣臻主持制订科技发展规划是成功的，今后还是要搞规划；(3)领导要抓重点，科学要抓重点研究室、重点和重点人；(4)要为科技人员解决衣、食、住、行、用的困难。科学院一家不要改动工资制度，但可以用补贴的办法，先重点解决一两千人；(5)我国与国外科技水平相比，在很多方面的差距拉大了，我们要努力赶，不赶就会距离更大；(6)要科技成果的应用，保护科技人员的发明权；(7)国务院要规定整个国家的科技经费在财政中占有一定比例；(8)抓科研，就要抓教育，培养人才，后继有人。国务院要把科、教两个部门一起抓。
　　5月30日，中共中央政治局召开会议，听取中国科学院方毅、李昌和武衡关于如何恢复和开展科学技术工作的汇报。会议决定，在1977年冬季或1978年1、2月份召开一次全国科学大会，由中国科学院和国防科委负责筹备。有关全国科学大会的安排，基本上是按邓小平关于整顿科技工作的设想展开的。
　　以哲学社会科学部为基础成立中国社会科学院
　　5月，在中国科学院哲学社会科学部基础上，正式成立中国社会科学院，胡乔木任院长。中国科学院建院后，先后组建了一批社会科学研究机构。至1956年哲学社会科学部成立时，已有哲学、经济、考古、历史、近代史、语言、文学7个研究所，后来又建立外国文学、民族、宗教、法学、世界历史、世界经济、自然科学史和情报等8个研究所，是全国社会科学的研究中心。1960年后，哲学社会学部划归中共中央宣传部领导。
　　院工作会议讨论恢复科研工作秩序的措施
　　6月22至7月7日，方毅主持召开院工作会议。参加会议的有院属各单位负责人以及中央部门和各省、市、自治区的科技局的负责人。会议主要议题有：(1)把揭批四人帮的运动搞深搞透；(2)尽快把科学研究搞上去；(3)以实际行动迎接全国科学大会的召开。
　　方毅指出四人帮给科研工作造成的影响有：中国在一些重要的新技术领域拉大了与世界先进水平的差距；基础理论研究的许多领域处于停顿状态；国民经济与国防建设中的许多重大科技问题长期得不到解决；科技队伍“青黄不接”；科研设备和实验手段相当落后；学风被破坏。为了解决这些问题，尽快把科研工作搞上去，会议讨论了《1978年至1985年中国科学院发展规划纲要(草案)》。为恢复科研工作秩序，决定采取一些重大措施：(1)建立党委领导下的所长负责制；(2)重新建立研究所学术委员会；(3)各单位设置一名专管后勤工作的副所长；(4)科协和各专门学会要逐步恢复；(5)加强各所的研究室，选择具有一定条件的科技人员任室主任和课题组长；(6)建立各类人员的考核制度；(7)通过试点招收和培养研究生；(8)对学非所用、安排不当的科技人员，要逐步予以调整；(9)对受审查未作出结论的人员尽快作出结论，结论不当的予以复查改正；(10)保证科技人员每周六分之五的业务工作时间。
　　会议决定取消院所两革命委员会，在全国起了带头作用。
　　邓小平邀请科教工作者举行座谈会
　　7月16日，中共十届三中全会恢复了邓小平中共中央副主席、国务院副总理等职务。8月4日至8日，分管科教工作的邓小平邀请30多位老中青科教工作者在人民大会堂举行座谈会。科学院系统与会的科学家有：吴文俊(数学所)、马大猷(声学所)、郝柏林(物理所)、汪猷(上海有机所)、钱人元(化学所)、邹承鲁(生物物理所)、张文佑(地质所)、叶笃正(大气所)、黄秉维(地理所)、王大珩(长春光机所)、严东生(上海硅酸盐所)、王守武(半导体所)、许孔时(计算技术所)、高庆狮(计算技术所)、温元凯(中国科技大学)。其余15位与会科教工作者，13位来自高等院校，另两位分别来自中国农林科学院和中国医学科学院。
　　座谈会由方毅主持，与会科学家围绕科学和教育的实际问题发表意见。严东生对科技规划、科技组织管理、引进新技术的“一用、二批、三改、四创”发表意见。邹承鲁提出高校招生要改正“群众推荐、领导批准”的办法，还呼吁至少要保证科研人员每星期有5天以上时间搞科研。多数与会者希望尽快恢复国家科委，归口管理全国科技工作。邓小平在听取大家的发言后于8月8日上午作重要讲话，强调我们国家要赶紧上世界先进水平，就要从科学和教育入手。他对“文革”前17年的科学和教育工作的估价、调动知识分子积极性、科研和教育的体制、教育制度和教育质量、后勤服务工作、学风等6个问题作了阐述，还回答了与会者提出的一系列问题。
　　杨乐、张广厚被破格晋升为副研究员
　　数学所杨乐、张广厚在1965—1977年间，在《数学学报》、《中国科学》(外文版)合作发表八篇论文，在整函数和亚纯函数方面取得了许多创造性成果。特别是函数值分布论方面，他们在1976年《中国科学》上发表《具有给定奇异方向的亚纯函数的构造》一文，用构造性方法完整地解决了亚纯函数奇异方向的分布问题，发现函数值分布论中的两个主要概念“亏值”和“奇异方向”之间的有机联系，得到国内外数学界的高度评价。其成果获1982年国家自然科学二等奖。1977年8月，他们二人由研究实习员破格提升为副研究员，成为当时宣传“尊重知识，尊重人才”的一个典型。
　　恢复研究生制度，筹建中国科技大学研究生
　　中国科学院从1955年开始招收研究生，1966年停止招生。1977年8月5日至13日，中国科学院在京召开中国科学技术大学工作会议。根据8月8日科教座谈会上邓小平讲话精神，9月5日，科学院向国务院呈交《关于中国科学技术大学的几个问题的报告》，提出办好中国科学技术大学的办法。报告中提出在北京设立中国科技大学研究生院，暂定规模一千人。
　　9月10日，中国科学院向国务院呈交《关于招收研究生的请示报告》，提出委托中国科学技术大学在北京筹办研究生院。月底，报告获得批准，国家决定在科学院所属的66个研究所和四所大学恢复研究生制度。科学院于10月发布消息，计划在11月15日至12月31日报名。消息发布后，社会各界反响强烈。鉴于科学院之外的其他高校也相继恢复招收研究生，1978年1月，教育部和中国科学院决定将1977年和1978年招收研究生的工作合并进行，统称为1978级研究生。
　　1977年12月19日，中国科学院批复同意中国科技大学研究生院(北京)机构设置和人员编制。1978年3月1日，研究生院在北京正式成立，严济慈任院长，马西林任党的领导小组组长。这是中华人民共和国的第一个研究生院。10月9日，首届研究生开学。共招收1015人，其中130人专学外语准备出国。中国科技大学另招收研究生107人，其中选派出国留学研究生25人。
　　恢复学术委员会制度
　　自1955年起，中国科学院各研究所普遍建立了学术委员会，“文革”中，学术委员会完全停止活动。1977年院工作会议后，科学院决定在院、所两级建立学术委员会。物理所率先重建了学术委员会。根据该所情况和老中青结合的原则，物理所聘请了17名所内委员，7名所外委员，组成学术委员会。该所还拟定了《学术委员会试行条例》，规定研究所学术委员会的任务是：对研究所的长远规划和年度计划，对科研成果的评议和鉴定，对开展所内外和国内外学术活动，提出建议和意见；协助培养、考核科技干部和研究生；讨论院、所领导交议的其他有关学术问题。9月24日，这个《试行条例》经院务会议通过后，转发院直属各单位参照执行。
　　院学术委员会筹备组在周培源、严济慈、钱三强等领导下，开展了恢复科技人员技术职称的工作。1978年正式成立院学术委员会，由钱三强副院长直接领导，顾德欢任办公室主任。1979年1月恢复学部活动后，院学术委员会相应撤销。
　　恢复科技人员的技术职称晋升制度
　　9月，科学院率先宣布恢复技术职称，批准数学所助理研究员陈景润破格晋升为研究员，杨乐、张广厚由研究实习员破格晋升为副研究员。此后，由院学术委员会筹备组负责开展对科技人员的技术职称评定工作，到全国科学大会召开前，在京部分研究所又提升研究员、副研究员、副总工程师255人，其中越级晋升的有24人。
　　技术职称的恢复，有利于调动知识分子的积极性和推动人才的培养和选拔，也表明对知识分子劳动的承认和尊重。1979年，国务院陆续颁布了工程技术、农业、编辑、外语、经济、会计等专业技术干部职称的暂行规定，全面恢复了技术职称制度。
　　科学院不再承担原国家科委的职能
　　9月18日，中共中央批准重新建立国家科学技术委员会，作为国务院所属的一个主管科学技术工作的部门，方毅任主任。其主要任务有8项：(1)调查研究有关科学技术工作的方针、政策的执行情况；(2)组织编制全国科学技术发展的年度计划和长远规划；(3)组织需要各部门参加的重大科研任务的分工与协调工作；(4)组织重要科研成果、发明创造的鉴定、奖励和推广应用；(5)研究与组织解决科技队伍的培养提高和管理使用问题；(6)研究并组织解决科研工作中的情报图书、仪器、设备、试剂等条件问题；(7)组织争取尚在国外的专家回国和安排他们的工作，聘请外籍科学家短期来华工作或讲学；(8)组织协调对外科学技术交流活动。中国科学院不再承担国家科委的职能。
　　开创数学机械化证明新领域
　　早年在拓扑学研究方面取得过突出成就的吴文俊，在70年代受中国古代算术思想的启发，形成了一个初等几何定理的机械化证明的思想，即用一套统一的方法去证明一大类几何定理。1977年，他及其学生在平面几何定理的机械化证明首先取得成功，翌年推广到对微分几何定理的机械化证明。他于1984年完成专著《几何定理机器证明的基本原理》(初等几何部分)。该书出版后引起了国际数学界的关注，不少数学家受到影响并涉足这一新领域。在几何定理机械化证明取得成功之后，吴文俊把研究重点转移到数学机械化的核心问题——议程求解上来。他和他的研究集体建立了数学机械化证明的基础，得到了在机器证明领域有巨大影响力的“吴方法”。