河流。2008年，我国七大水系国控断面I～III类水质比例为55.0%，劣V类水质比例为20.8%。全国地表水746个国控断面I～III类水质比例为47.7%，劣V类水质比例为23.1%。按照国家环境保护“十一五”规划的要求，到2010年七大水系国控断面好于III类的比例要大于43%，地表水国控断面劣V类水质的比例小于22%。

湖泊。我国目前有75%的湖泊出现不同程度的富营养化，同时蓝藻水华频繁暴发，水质性缺水日益严重，由此引发淡水资源短缺、洪涝和干旱灾害增多，严重制约着区域发展并影响人们的生活。富营养化是一种氮磷等营养物质含量过多所引起的水质污染现象。在自然条件下，湖泊富营养化是一个极为缓慢的过程。工业化过程中，大量工业废水和生活污水以及农田径流中的植物营养物质排入湖泊、水库、河口、海湾，水生生物特别是藻类大量繁殖，破坏了水体的生态平衡。大量死亡的水生生物使水体溶解氧含量急剧降低，水质恶化，大大加速水体的富营养化过程。

面源污染。面源污染是指污染物从非特定地点通过径流过程而汇入受纳水体（包括河流、湖泊、水库和海湾等）所引起的污染。农业面源污染是农业生产活动中的氮素、磷素、农药以及其他有机或无机污染物，通过农田地表径流和农田渗漏形成的地表和地下水环境污染，是目前我国最为重要且分布最为广泛的面源污染。