沈阳应用生态所的标志主体色调由土黄色和绿色组成，绿色的树叶代表森林生态和林业生态工程学科，土黄色的弧线形似地球，代表土壤与农业生态学科；三片树叶的组合是英文E的变形，E代表生态学（Ecology），寓意该所两大主学科围绕应用生态学开展科学研究。
一个鲜明的形象标识，是打造现代研究所优秀品牌的重要基础，也是研究所创新文化建设的重要内容。沈阳应用生态所经过一年多的征集、设计、凝炼，一个形象鲜明，体现特色、寓意深刻、奋发向上的研究所形象标识终于诞生了。
在标识征集、设计、凝炼过程中，该所领导亲自抓，高标准、严要求，一次不行，两次，两次不行再重来，反复凝炼，直到标识能使广大职工认同；该所学术委员会的新老科学家，放下手中繁忙的工作，多次参加方案论证，提出了许多宝贵意见；广大科研人员、管理人员、支撑服务人员积极参与，有的提供创意，有的亲自设计，有的献计献策。一年多来，设计各类方案近百个，为优中选优，确定标识奠定了基础。
沈阳生态所标识的寓意为：
沈阳应用生态所的标志主体色调由土黄色和绿色组成，绿色的树叶代表森林生态和林业生态工程学科，土黄色的弧线形似地球，代表土壤与农业生态学科；三片树叶的组合是英文E的变形，E代表生态学(Ecology)，寓意该所两大主学科围绕应用生态学开展科学研究。
标识中的英文IAE是沈阳应用生态所所名(Institute of Applied Ecology)的缩写；三片树叶每一片是英文S的变形，S是沈阳市的拼音字头，代表该所的地理位置。
从整体看，绿色的树叶代表生物圈，土黄色的弧形代表土圈，组成和谐的生态环境，这是生态所科研的奋斗目标；同时三片树叶组成的火炬形构图，象征着沈阳应用生态所奋发向上，建设世界一流科研机构的坚定信念。 |
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