加快打造原始创新策源地,加快突破关键核心技术,努力抢占科技制高点,为把我国建设成为世界科技强国作出新的更大的贡献。

——习近平总书记在致中国科学院建院70周年贺信中作出的“两加快一努力”重要指示要求

面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康,率先实现科学技术跨越发展,率先建成国家创新人才高地,率先建成国家高水平科技智库,率先建设国际一流科研机构。

——中国科学院办院方针

首页 > 科研进展

营养与健康所发布单细胞多模态数据库并发现新细胞亚群

2024-09-30 上海营养与健康研究所
【字体:

语音播报

9月24日,中国科学院上海营养与健康研究所靳文菲研究组在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上,在线发表了题为scMMO-atlas: a single cell multimodal omics atlas and portal for exploring fine cell heterogeneity and cell dynamics的研究论文。该研究构建了首个单细胞多模态数据库scMMO-atlas,研发了涵盖300多万个细胞的单细胞多模态组学数据的在线查询平台scMMO-atlas。同时,该研究通过scMMO-atlas数据库发现了小鼠大脑皮层中的新细胞亚群Astro-Grm3和Ex-L6-Tle4-Nrf1等。

单细胞多模态组学技术并行捕获同一细胞的多种模态信息,已成为多角度和多维度解析细胞异质性的工具。近年来,单细胞多模态组学数据快速积累,但由于数据分散,影响了数据的访问和利用。为利用单细胞多模态组学公共数据,亟需发展统一处理和整合数据的单细胞多模态组学数据库。

该研究收集和整合了70多个高质量的单细胞多模态组学数据集,构建了scMMO-atlas数据库。scMMO-atlas包括852个样本的3,168,824个细胞的单细胞多模态组学数据。scMMO-atlas作为交互式的门户网站,提供多种模态和整合数据的可视化和特征分析,如细胞类型注释、细胞亚群的表达标签、细胞亚群特异性染色质可及性、基因模块和数据集模块,并允许用户上传数据和下载分析结果。

该研究对scMMO-atlas中的小鼠大脑皮层scATAC+RNA数据进行整合分析,发现了一个高表达Grm3的早期星形胶质细胞亚群,并命名为Astro-Grm3。进而,研究发现了Ex-L6-Tle4的祖细胞亚群Ex-L6-Tle4-Nrf1。这表明scMMO-atlas提供的的单细胞多模态组学大数据增加了统计能力,利于新的生物学发现。

研究工作得到国家重点研发计划和国家自然科学基金等的支持。

论文链接

scMMO-atlas

scMMO-atlas构建流程和功能概况

整合单细胞多模态组学数据寻找新细胞亚群

打印 责任编辑:侯茜

扫一扫在手机打开当前页

© 1996 - 中国科学院 版权所有 京ICP备05002857号-1 京公网安备110402500047号 网站标识码bm48000002

地址:北京市西城区三里河路52号 邮编:100864

电话: 86 10 68597114(总机) 86 10 68597289(总值班室)

编辑部邮箱:casweb@cashq.ac.cn

  • © 1996 - 中国科学院 版权所有 京ICP备05002857号-1 京公网安备110402500047号 网站标识码bm48000002

    地址:北京市西城区三里河路52号 邮编:100864

    电话: 86 10 68597114(总机) 86 10 68597289(总值班室)

    编辑部邮箱:casweb@cashq.ac.cn

  • © 1996 - 中国科学院 版权所有
    京ICP备05002857号-1
    京公网安备110402500047号
    网站标识码bm48000002

    地址:北京市西城区三里河路52号 邮编:100864
    电话:86 10 68597114(总机)
       86 10 68597289(总值班室)
    编辑部邮箱:casweb@cashq.ac.cn