随着中国科学院知识创新工程的不断深入，近年来，沈阳生态所国际合作的规模逐步扩大，层次显著提高，提高了该所应用生态学研究在国际上的影响力。沈阳生态所通过项目合作、共建实验室等方式，与国外研究机构、大学等建立了长期合作伙伴关系。三年来，该所与俄罗斯科学院、美国热带森林科学中心、Smithsonia热带研究所、韩国汉城大学、日本国立环境研究院、比利时根特大学等机构与大学进行了多种形式的合作，参加7项国际合作项目。2003年底，沈阳生态所组织院内相关研究所与俄罗斯科学院共建了“中俄自然资源与生态环境联合研究中心”，目前，该“中心”运行情况良好，5个合作项目进展顺利，标志着该所与周边国家的合作进入了实质性阶段。与美国的两家研究单位合作建立的国际生物多样性监测网络温带监测网-长白山生物多样性监测网，也为沈阳生态所参与国际长期生态学网络研究提供了机会。

    为进一步扩大沈阳生态所在国际上的影响力，该所在保持与比利时、荷兰、俄罗斯等国家的友好合作的同时，继续扩展与新西兰、印度等国家的学术交流合作，通过国家支持、项目合作等方式进行专家、博士研究生的人才交流。2001～2003年，该所与40多个国家和地区进行了学术交流与合作，主办国际重要学术会议11次，参加国际会议110余次，报告100余人次；国际交流量达520余人次，派出人员124人次，接待来访397人次。2001年8月，该所承办的“第12届世界肥料大会”在北京举行，参加会议的有60多个国家和地区的800余位代表，通过此次会议的举办，确立了该所在肥料科学界、特别是在长效肥的领先地位。此外，首届污染生态化学与生态过程国际学术会议、首届数字林业国际学术研讨会、生态过程国际学术研讨会也均取得了良好的效果。通过这些学术会议的举行，使沈阳生态所学术研究紧跟世界前沿，加快了该所科研工作的国际化进程。随着沈阳生态所国际影响的扩大和国际地位的提高，越来越多的国外科学家、高访学者来所从事合作研究，三年来，到所高级访问学者共13人次，派出高级访问学者5人次，合作发表SCI论文14篇。